Organi della Fondazione Sicilia sono il Presidente, il Consiglio Superiore (organo di indirizzo, composto dal Presidente e da dodici Consiglieri di cui uno con funzioni di Vice Presidente), il Consiglio di Amministrazione (organo di gestione, composto dal Presidente e da quattro Consiglieri di cui uno con funzioni di Vice Presidente), il Collegio Sindacale (organo di controllo, composto da un Presidente, due Sindaci effettivi e due Sindaci supplenti) e il Segretario Generale.